Spolupráce Fakulty veterinární hygieny a ekologie s jinými organizacemi je zejména v oblasti pedagogické činnosti velmi bohatá a zahrnuje organizace různého typu (státní a privátní) i charakteru (dozorové orgány, výzkumná a diagnostická pracoviště, potravinářské a zemědělské provozy i jiné vysoké školy).
Zejména těsná je spolupráce se Státní veterinární správou ČR a krajskými veterinárními správami. Pracovníci těchto organizací se podílejí jednak na přímé výuce formou přednášek, vedení praktických cvičení nebo seminářů a hodnocení znalostí studentů při zkouškách, zejména státních závěrečných zkouškách. V určité míře se zapojují jako vedoucí – specialisté při realizaci bakalářských a diplomových prací.
Významná je taktéž spolupráce fakulty s Komorou veterinárních lékařů v oblasti optimalizace veterinárního vzdělávání.
V minulých letech FVHE realizovala různé formy spolupráce s řadou výrobních závodů, a to zejména při provádění laboratorních vyšetření produktů a hodnocení jakosti a zdravotní nezávadnosti surovin a hotových potravin. Dále fakulta spolupracovala na řešení technologických a hygienických problémů v některých potravinářských firmách a sledování zdravotního stavu produkčních hospodářství. Některé podniky se přímo podílely na výuce studentů, a to jednak umožněním, případně garancí výuky přímo v provozu závodu a jednak účastí na státních závěrečných zkouškách, jako členové zkušebních komisí.
Evropská asociace zařízení pro veterinární vzdělávání – EAEVE
Evropská asociace státních veterinářů – EASVO
Evropská unie veterinárních hygieniků – UEVH
Federace veterinárních lékařů Evropy – FVE
Síť evropských univerzit celoživotního vzdělávání – EUCEN
