Podle zákona č. 111/1998 Sb. o vysokých školách a o změně a doplnění dalších zákonů (zákon o vysokých školách), ve znění pozdějších předpisů, (dále jen zákon) jsou samosprávnými orgány fakulty Akademický senát fakulty, děkan, Vědecká rada fakulty a Disciplinární komise. Dalším orgánem fakulty je tajemník.
Fakultu na úseku výkonném řídí děkan. Děkana zastupují proděkani – proděkan pro vzdělávání, proděkan pro vědu, výzkum a zahraniční vztahy a proděkan pro strategii a rozvoj. Hospodářský a správní chod fakulty řídí tajemník. Samosprávná činnost je na fakultě realizována prostřednictvím Akademického senátu. Problematika vzdělávací a vědecké činnosti je projednávána ve Vědecké radě fakulty. Pro potřebu efektivního řízení fakulty zřizuje děkan poradní orgány děkana, zejména Kolegium děkana, dalšími poradními orgány děkana jsou odborné komise. Administrativní činnost fakulty zabezpečuje děkanát fakulty.
